@thesis{thesis,
		author={Rachma  Risca Adiyani},
		title ={Hubungan Kekerabatan Anggota Marga Pandanus Koleksi
Kebun Raya Purwodadi-Lipi Berdasarkan Karakter
Morfologi Dan Markah Trnl Dan Trnl-F},
		year={2017},
		url={http://repository.ub.ac.id/id/eprint/977/},
		abstract={Pandanaceae pertama kali diperkenalkan oleh Robert Brown pada tahun 1810.
Pandanaceae memiliki batang bercabang secara trikotomi atau dikotomi. Daunnya memeluk
batang sehingga terlihat selalu tertata dalam tiga deret mengulir (tristichous spiral), sehingga
dalam bahasa Inggris suku Pandanaceae terkenal sebagai pinus yang menyekerup (screw
pine). Buah pandan telah berkembang ke bentuk syncarp, sehingga ditempatkan ke dalam
bangsa Pandanales. Pandanaceae memiliki lima marga yakni Sararanga, Freycinetia,
Pandanus, Martellidendron, dan Benstonea. Pandanus merupakan salah satu anggota suku
Pandanaceae yang memiliki banyak manfaat bagi manusia.
Marga Pandanus tersebar hampir di seluruh dunia, terutama di bagian negara tropis
seperti Pulau Seychelles, Asia Tenggara, Papua Nugini, Micronesia, hingga Australia Utara.
Persebaran marga Pandanus di seluruh dunia memunculkan keanekaragaman jenis.
Keanekaragaman jenis yang tinggi harus disertai dengan karakter organ tubuh yang lengkap
(generatif dan vegetatif). Karakter organ yang kurang lengkap dapat menimbulkan
kebingungan dalam mengenali dan menentukan posisi takson. Kondisi ini dialami oleh
pandan koleksi Kebun Raya Purwodadi (KRP) yang tidak ditemui organ generatifnya namun
hanya organ vegetatifnya saja. Oleh sebab itu, diperlukan adanya pengenalan dan penentuan
posisi takson melalui pola hubungan kekerabatan berdasarkan karakter morfologi serta
molekuler untuk mendapatkan informasi yang lebih komprehensif. Penelitian ini bertujuan
untuk menganalisis hubungan kekerabatan menggunakan karakter morfologi dan markah
molekuler. Selain itu juga untuk membandingkan hasil pengelompokannya demi mendapatkan
kejelasan posisi takson pandan koleksi KRP.
Analisis morfologi dilakukan dengan menggunakan teknik morfometri dengan 50
karakter organ vegetatif. Selanjutya dilakukan scoring menggunakan multistate character (0,
1, 2 dan 3). Hasil scoring kemudian dilakukan rekonstruksi pohon kekerabatan menggunakan
metode analisis Neighbour Joining (NJ) dan Maximum Parsimony (MP) dengan
menggunakan program PAST. Analisis molekuler memanfaatkan informasi genetik yang
terkandung dalam DNA dengan cara mengisolasi DNA. DNA diisolasi terlebih dahulu
menggunakan Promega Kit, PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan dua markah
yaitu trnL (F: 5'>CGAAATCGGTAGACGCTACG>3; R:
5'>ATTTGAACTGGTGACACGAG>3') dan markah trnL-F (F:
5'>CGAAATCGGTAGACGCTACG>3'; R: 5'>ATTTGAACTGGTGACACGAG>3')
selanjutnya dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing di-alignment (pensejajaran sekuens)
menggunakan program Clustal W dengan metode Neighbour Joining (NJ), Maximum
Parsimony (MP) dan Maximum Likelihood (ML) dalam program MEGA 6.0. Berdasarkan
informasi hubungan kekerabatan yang terbentuk tersebut diharapkan dapat menentukan
kejelasan posisi takson anggota marga Pandanus. Hal ini penting untuk ditelusuri demi
mendukung kajian lanjut tentang pandan sebagai dasar bagi kegiatan konservasi.
ix
Bedasarkan hasil seluruh analisis ditentukan 17 OTU untuk dianalisis lebih lanjut.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa pohon kekerabatan yang dihasilkan berdasarkan analisis
morfologi dan molekuler membentuk dua kelompok besar. Berdasarkan analisis karakter
morfologi diketahui bahwa pengelompokan tersebut terbentuk atas tiga karakter organ
vegetatif sebagai pembeda. Karakter-karakter tersebut meliputi kedudukan duri pada daun
pandan, bentuk ujung daun pandan dan kondisi permukaan akar yang berada di atas tanah.
Analisis molekuler menunjukkan hasil pengelompokan yang tidak jauh berbeda.
Pengelompokan secara molekuler terbentuk atas perubahan (mutasi) yang terjadi pada basa
nukleotida. Hal ini menunjukkan bahwa hasil analisis molekuler memperkuat hasil analisis
morfologi, begitupun sebaliknya.
Posisi takson berdasarkan uji homologi urutan basa DNA terhadap spesimen pandan
koleksi Kebun Raya Purwodadi menunjukkan adanya tiga marga pandan yakni Freycinetia,
Pandanus dan Benstonea. Satu spesimen merupakan marga Freycinetia sebagai outgrup dan
empat spesimen merupakan marga Benstonea dengan nilai similaritas sebesar 99%. Sebanyak
15 spesimen sisanya merupakan marga Pandanus dengan nilai similaritas sebesar 98%. Hasil
tersebut menyatakan bahwa penggunaan markah molekuler berupa trnL dan trnL-F sangat
cocok digunakan untuk analisis tingkat marga dan kurang informatif untuk level interspesies.}
		}