IDENTIFIKASI FAMILI GEN MA-ACS DAN STUDI EKSPRESI GEN MA-ACS1 PADA BUAH Musa acuminata (AAA GROUP) KULTIVAR PISANG AMBON LUMUT MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR (qPCR)
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Institut Teknologi Bandung
Author
UTAMI KARMAWAN, LISTYA (STUDENT ID : 21106014)
(LECTURER ID : 0018047201)
(LECTURER ID : 0030096110)
(LECTURER ID : 0018047201)
(LECTURER ID : 0030096110)
Subject
Datestamp
0000-00-00 00:00:00
Abstract :
Musa acuminata (AAA group) kultivar pisang ambon lumut adalah tanaman khas dari Indonesia yang dapat dijadikan komoditas ekspor yang menjanjikan. Buah pisang ambon lumut termasuk buah klimakterik yang mengalami pematangan dalam waktu yang singkat. Alternatif pengontrolan pematangan buah pisang secara molekuler sedang dikembangkan dengan cara membungkam ekspresi gen ACC sintase (ACS). Gen ACS merupakan famili gen yang mengkode isoenzim ACC sintase yang berperan dalam jalur biosintesis etilen. Hingga saat ini identifikasi keberadaan famili gen ACS dan karakterisasi gen ACS pada buah pisang ambon lumut masih terbatas. Analisis PCR menggunakan sembilan primer spesifik untuk famili gen ACS dilakukan untuk mengidentifikasi keberadaan famili gen ACS pada pisang ambon lumut. Sembilan fragmen famili gen ACS berhasil diidentifikasi pada pisang ambon lumut dan diberi nama MA-ACS1-9. Analisis ekspresi secara kualitatif terhadap MA-ACS1 dan MA-ACS2 dari daging buah pisang ambon lumut menunjukkan bahwa hanya MA-ACS1 yang diekspresikan selama pematangan buah. Fragmen MA-ACS1 genomik dan cDNA diisolasi dari daging buah pisang menggunakan pasangan primer ACS1F dan R. Fragmen genomik MA-ACS1 berukuran 1818 pb yang diperoleh memiliki homologi tertinggi dengan gen MACS1 Musa acuminata kultivar Hsian Jien Chiao (kode akses AF056164 pada GenBank). Fragmen genomik MA-ACS1 memiliki tiga buah intron dan empat buah ekson serta satu buah stop kodon. Analisis terhadap protein kandidat menunjukkan homologi tertinggi dengan ACC sintase Musa acuminata kultivar Hsian Jien Chiao (kode akses AAQ13437 pada GenBank). Dijumpai tujuh motif lestari enzim ACS pada protein kandidat MA-ACS1. Berdasarkan analisis TMHMM (Transmembrane Hidden Markov Model) diduga protein kandidat MA-ACS1 tidak terikat membran. Analisis ekspresi MA-ACS1 menggunakan qPCR (quantitative PCR) menunjukkan bahwa ekspresi gen tersebut meningkat secara signifikan pada hari ke-3, mencapai maksimum pada hari ke-5 kemudian menurun pada hari ke-7 setelah panen.
Musa acuminata (AAA group) kultivar pisang ambon lumut adalah tanaman khas dari Indonesia yang dapat dijadikan komoditas ekspor yang menjanjikan. Buah pisang ambon lumut termasuk buah klimakterik yang mengalami pematangan dalam waktu yang singkat. Alternatif pengontrolan pematangan buah pisang secara molekuler sedang dikembangkan dengan cara membungkam ekspresi gen ACC sintase (ACS). Gen ACS merupakan famili gen yang mengkode isoenzim ACC sintase yang berperan dalam jalur biosintesis etilen. Hingga saat ini identifikasi keberadaan famili gen ACS dan karakterisasi gen ACS pada buah pisang ambon lumut masih terbatas. Analisis PCR menggunakan sembilan primer spesifik untuk famili gen ACS dilakukan untuk mengidentifikasi keberadaan famili gen ACS pada pisang ambon lumut. Sembilan fragmen famili gen ACS berhasil diidentifikasi pada pisang ambon lumut dan diberi nama MA-ACS1-9. Analisis ekspresi secara kualitatif terhadap MA-ACS1 dan MA-ACS2 dari daging buah pisang ambon lumut menunjukkan bahwa hanya MA-ACS1 yang diekspresikan selama pematangan buah. Fragmen MA-ACS1 genomik dan cDNA diisolasi dari daging buah pisang menggunakan pasangan primer ACS1F dan R. Fragmen genomik MA-ACS1 berukuran 1818 pb yang diperoleh memiliki homologi tertinggi dengan gen MACS1 Musa acuminata kultivar Hsian Jien Chiao (kode akses AF056164 pada GenBank). Fragmen genomik MA-ACS1 memiliki tiga buah intron dan empat buah ekson serta satu buah stop kodon. Analisis terhadap protein kandidat menunjukkan homologi tertinggi dengan ACC sintase Musa acuminata kultivar Hsian Jien Chiao (kode akses AAQ13437 pada GenBank). Dijumpai tujuh motif lestari enzim ACS pada protein kandidat MA-ACS1. Berdasarkan analisis TMHMM (Transmembrane Hidden Markov Model) diduga protein kandidat MA-ACS1 tidak terikat membran. Analisis ekspresi MA-ACS1 menggunakan qPCR (quantitative PCR) menunjukkan bahwa ekspresi gen tersebut meningkat secara signifikan pada hari ke-3, mencapai maksimum pada hari ke-5 kemudian menurun pada hari ke-7 setelah panen.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
