ANALISIS TRANSKRIPTOMIK JALUR SISTEM IMUN BAWAAN PADA USUS ZEBRAFISH (Danio rerio) YANG DIBERI PAKAN PISANG TONGKA LANGIT (Musa troglodytarum) TINGGI KAROTENOID
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Institut Teknologi Bandung
Author
Cheryl, Nasya (STUDENT ID : 10615030)
(LECTURER ID : 0018047201)
(LECTURER ID : 0006077905)
(LECTURER ID : 0018047201)
(LECTURER ID : 0006077905)
Subject
Datestamp
0000-00-00 00:00:00
Abstract :
Asupan karotenoid telah dikenal mampu meningkatkan fungsi sistem imun pada tubuh manusia. Salah satu pisang khas Indonesia, pisang Tongka Langit (Musa troglodytarum), terkenal akan kandungan karotenoidnya yang dapat mencapai 200 kali lebih besar dari pisang Cavendish (880-5,370?g/100g), akan tetapi, manfaat imunomodulasi pisang tersebut belum diteliti secara mendalam. Penelitian sebelumnya telah menunjukan bahwa asupan M. troglodytarum berpengaruh terhadap sintesis sitokin pro-inflamasi dan anti-inflamasi pada hewan model zebrafish (Danio rerio). Penelitian ini dilakukan sebagai penelitian lanjutan untuk mengetahui jalur sistem imun bawaan (innate) yang termodulasi akibat pemberian pakan pisang Tongka Langit pada usus hewan model zebrafish tanpa perlakuan infeksi berdasarkan total transkriptom organ. Pada penelitian ini, digunakan Tetramin sebagai pakan kontrol, Cavendish sebagai pisang kontrol, dan pisang Tongka Langit sebagai pakan perlakuan. Zebrafish dewasa dibagi menjadi 3 kelompok yang diberi pakan Tetramin (T), pisang Cavendish/Tetramin 50% (CV), atau pisang Tongka Langit/Tetramin 50% (TL) setiap hari selama 2 bulan. Organ usus dari setiap kelompok diisolasi. Kualitas RNA total dari setiap kelompok dianalisis dengan spektrofotometer dan gel agarosa. RNA total organ usus kemudian disekuensing dengan Illumina HiSeq. Analisis transkriptomik dilakukan sesuai dengan protokol Tuxedo. Gen yang termodulasi divalidasi dengan reverse transcriptase PCR (RT-PCR). Hasil sekuensing menghasilkan 22,1, 27,9, dan 18,3 juta clean reads untuk kelompok T, CV, dan TL (Q20>95%). Dibandingkan dengan kelompok T, 1.981 gen termodulasi pada kelompok CV (484 down-regulated genes, 1.487 upregulated genes) dan 1.726 gen termodulasi pada kelompok TL (797 down-regulated genes, 929 upregulated genes). Zebrafish TL menunjukan respon signifikan yang terasosiasi dengan respon imun dan respon inflamasi. Zebrafish TL menunjukan penurunan ekspresi dalam jalur pensinyalan PAMP melalui NOD dan TLR. Dalam kedua jalur, ekspresi gen faktor transkripsi sitokin NF????B menurun (log2FC<-3) yang mengindikasikan terjadinya penurunan ekspresi sitokin inflamasi. Hampir seluruh gen pada jalur komplemen mengalami peningkatan ekspresi, akan tetapi, tidak ditemukan perubahan pada ekspresi dan jalur pensinyalan sitokin pro-inflamasi TNF?. Peningkatan ekspresi pada kaskade komplemen terbuktikan dengan semi-kuantifikasi pita RT-PCR. Jalur diapedesis leukosit mengalami penurunan ekspresi pada gen selectin (sele), integrin ?1 (itgb1b), dan MMP (mmp9). Kesimpulan dari penelitian ini adalah asupan pisang Tongka Langit tinggi karotenoid meningkatkan ekspresi jalur komplemen pada usus zebrafish sehat berdasarkan analisis transkriptomik yang digunakan. Namun, dibutuhkan penelitian lebih lanjut mengenai pengaruh imunomodulasi tersebut dalam keberadaan infeksi.
Asupan karotenoid telah dikenal mampu meningkatkan fungsi sistem imun pada tubuh manusia. Salah satu pisang khas Indonesia, pisang Tongka Langit (Musa troglodytarum), terkenal akan kandungan karotenoidnya yang dapat mencapai 200 kali lebih besar dari pisang Cavendish (880-5,370?g/100g), akan tetapi, manfaat imunomodulasi pisang tersebut belum diteliti secara mendalam. Penelitian sebelumnya telah menunjukan bahwa asupan M. troglodytarum berpengaruh terhadap sintesis sitokin pro-inflamasi dan anti-inflamasi pada hewan model zebrafish (Danio rerio). Penelitian ini dilakukan sebagai penelitian lanjutan untuk mengetahui jalur sistem imun bawaan (innate) yang termodulasi akibat pemberian pakan pisang Tongka Langit pada usus hewan model zebrafish tanpa perlakuan infeksi berdasarkan total transkriptom organ. Pada penelitian ini, digunakan Tetramin sebagai pakan kontrol, Cavendish sebagai pisang kontrol, dan pisang Tongka Langit sebagai pakan perlakuan. Zebrafish dewasa dibagi menjadi 3 kelompok yang diberi pakan Tetramin (T), pisang Cavendish/Tetramin 50% (CV), atau pisang Tongka Langit/Tetramin 50% (TL) setiap hari selama 2 bulan. Organ usus dari setiap kelompok diisolasi. Kualitas RNA total dari setiap kelompok dianalisis dengan spektrofotometer dan gel agarosa. RNA total organ usus kemudian disekuensing dengan Illumina HiSeq. Analisis transkriptomik dilakukan sesuai dengan protokol Tuxedo. Gen yang termodulasi divalidasi dengan reverse transcriptase PCR (RT-PCR). Hasil sekuensing menghasilkan 22,1, 27,9, dan 18,3 juta clean reads untuk kelompok T, CV, dan TL (Q20>95%). Dibandingkan dengan kelompok T, 1.981 gen termodulasi pada kelompok CV (484 down-regulated genes, 1.487 upregulated genes) dan 1.726 gen termodulasi pada kelompok TL (797 down-regulated genes, 929 upregulated genes). Zebrafish TL menunjukan respon signifikan yang terasosiasi dengan respon imun dan respon inflamasi. Zebrafish TL menunjukan penurunan ekspresi dalam jalur pensinyalan PAMP melalui NOD dan TLR. Dalam kedua jalur, ekspresi gen faktor transkripsi sitokin NF????B menurun (log2FC<-3) yang mengindikasikan terjadinya penurunan ekspresi sitokin inflamasi. Hampir seluruh gen pada jalur komplemen mengalami peningkatan ekspresi, akan tetapi, tidak ditemukan perubahan pada ekspresi dan jalur pensinyalan sitokin pro-inflamasi TNF?. Peningkatan ekspresi pada kaskade komplemen terbuktikan dengan semi-kuantifikasi pita RT-PCR. Jalur diapedesis leukosit mengalami penurunan ekspresi pada gen selectin (sele), integrin ?1 (itgb1b), dan MMP (mmp9). Kesimpulan dari penelitian ini adalah asupan pisang Tongka Langit tinggi karotenoid meningkatkan ekspresi jalur komplemen pada usus zebrafish sehat berdasarkan analisis transkriptomik yang digunakan. Namun, dibutuhkan penelitian lebih lanjut mengenai pengaruh imunomodulasi tersebut dalam keberadaan infeksi.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
