KONSTRUKSI MUTAN DAERAH D FRAGMEN ABS PROTEIN M1 STREPTOCOCCUS PYOGENES MELALUI REKAYASA PROTEIN
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Institut Teknologi Bandung
Author
LUFIANDATI (NIM 10704058), ANGGIT (STUDENT ID : )
Subject
Datestamp
2009-04-17 14:52:28
Abstract :
Protein M1 Streptococcus pyogenes memiliki beberapa daerah yang diduga memiliki peran dalam aktivitas pengikatan fibronektin, diantaranya adalah daerah d yang terdapat pada fragmen ABS protein M1. Untuk mengetahui apakah daerah tersebut berperan dalam pengikatan fibronektin, maka dilakukan rekayasa pada daerah d fragmen tersebut. Asam amino bermuatan pada daerah d diubah menjadi alanin yang merupakan asam amino yang tidak bermuatan. Pengubahan ini dilakukan pada tingkat nukleotida menggunakan mutagenesis terarah dengan metode PCR. pET16abs yang diisolasi dari Escherichia coli BL21 digunakan sebagai cetakan. Berdasarkan analisis migrasi diketahui bahwa pET16abs cetakan telah mengalami dimerisasi. Cetakan yang berbentuk dimer akan menyebabkan masalah dalam spesifikasi penempelan primer dan waktu pemanjangan selama proses PCR, oleh karena itu dilakukan perbaikan pET16abs untuk diperoleh plasmid monomer. Perbaikan pET16abs menjadi monomer telah berhasil dilakukan di E. coli DH59. Plasmid monomer ini digunakan sebagai cetakan dalam mutagenesis terarah dengan variasi suhu penempelan primer, yaitu 40 oC, 55 oC, dan 66 oC. Pada kondisi ini, mutan daerah d fragmen ABS protein M1 belum berhasil dikonstruksi. Mutagenesis terarah pada penelitian ini sulit dilakukan karena jumlah nukleotida yang harus diubah cukup banyak, yaitu 9 nukleotida. Hal tersebut menyebabkan primer sulit menempel dengan baik pada cetakan. Oleh karena itu, mutagenesis terarah disarankan untuk dilakukan dalam dua tahap menggunakan dua pasang primer berbeda. Kedua pasang primer tersebut telah dirancang menggunakan program DNASTAR dengan masing-masing pasangan primer hanya mengandung 4 dan 5 nukleotida yang diubah.
Protein M1 Streptococcus pyogenes memiliki beberapa daerah yang diduga memiliki peran dalam aktivitas pengikatan fibronektin, diantaranya adalah daerah d yang terdapat pada fragmen ABS protein M1. Untuk mengetahui apakah daerah tersebut berperan dalam pengikatan fibronektin, maka dilakukan rekayasa pada daerah d fragmen tersebut. Asam amino bermuatan pada daerah d diubah menjadi alanin yang merupakan asam amino yang tidak bermuatan. Pengubahan ini dilakukan pada tingkat nukleotida menggunakan mutagenesis terarah dengan metode PCR. pET16abs yang diisolasi dari Escherichia coli BL21 digunakan sebagai cetakan. Berdasarkan analisis migrasi diketahui bahwa pET16abs cetakan telah mengalami dimerisasi. Cetakan yang berbentuk dimer akan menyebabkan masalah dalam spesifikasi penempelan primer dan waktu pemanjangan selama proses PCR, oleh karena itu dilakukan perbaikan pET16abs untuk diperoleh plasmid monomer. Perbaikan pET16abs menjadi monomer telah berhasil dilakukan di E. coli DH59. Plasmid monomer ini digunakan sebagai cetakan dalam mutagenesis terarah dengan variasi suhu penempelan primer, yaitu 40 oC, 55 oC, dan 66 oC. Pada kondisi ini, mutan daerah d fragmen ABS protein M1 belum berhasil dikonstruksi. Mutagenesis terarah pada penelitian ini sulit dilakukan karena jumlah nukleotida yang harus diubah cukup banyak, yaitu 9 nukleotida. Hal tersebut menyebabkan primer sulit menempel dengan baik pada cetakan. Oleh karena itu, mutagenesis terarah disarankan untuk dilakukan dalam dua tahap menggunakan dua pasang primer berbeda. Kedua pasang primer tersebut telah dirancang menggunakan program DNASTAR dengan masing-masing pasangan primer hanya mengandung 4 dan 5 nukleotida yang diubah.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
