PENCARIAN LOKASI DAN DESAIN PRIMER GEN BIOSURFAKTAN PADA BAKTERI Bacillus cereus DAN Brevundimonas spp. MENGGUNAKAN METODE BIOINFORMATIKA
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Sekolah Tinggi Farmasi Indonesia Bandung
Author
DEBORA WATI, -
Subject
Q Science (General)
Datestamp
2024-07-27 02:04:50
Abstract :
Biosurfaktan merupakan senyawa permukaan aktif yang dihasilkan oleh mikroba yang bersifat biodegradable dan menggunakan sumber yang dapat diperbaharui. Produksi biosurfaktan skala industri masih belum maksimal karena produktivitasnya yang rendah. Dengan mengetahui genetika penghasil biosurfaktan dari suatu mikroba diharapkan dapat meningkatkan produksi biosurfaktan. Pada penelitian ini dilakukan analisis bioinformatika untuk mengetahui jenis, lokasi dan desain primer gen biosurfaktan pada bakteri Bacillus cereus dan Brevundimonas spp. Sekuen dari genom bakteri dan gen biosurfaktan dianalisis pada program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) untuk mengetahui tingkat kesamaan dari kedua sekuen tersebut. Analisis penyelarasan antara genom bakteri dengan sekuen nukleotida biosurfaktan diperoleh hasil yang signifikan pada enam jenis biosurfaktan pada bakteri Bacillus cereus MGJa3, Bacillus cereus galur DLOU-Changhai dan Bacillus cereus galur TG1-6, sedangkan pada penyelarasan dengan sekuen protein biosurfaktan hasil yang signifikan diperoleh pada tiga belas jenis biosurfaktan pada bakteri Bacillus cereus galur MBGJa3 dan Brevundimonas nasdae galur A30. Primer dirancang menggunakan Primer-BLAST kemudian dari kesepuluh kandidat primer yang diperoleh pada masing-masing gen dipilih satu primer dengan karakteristik terbaik. Primer yang didesain akan menghasilkan amplikon sebesar 887 pasang basa untuk surfaktin, 897 pasang basa untuk iturin dan 808 pasang basa untuk fengycin.
Biosurfaktan merupakan senyawa permukaan aktif yang dihasilkan oleh mikroba yang bersifat biodegradable dan menggunakan sumber yang dapat diperbaharui. Produksi biosurfaktan skala industri masih belum maksimal karena produktivitasnya yang rendah. Dengan mengetahui genetika penghasil biosurfaktan dari suatu mikroba diharapkan dapat meningkatkan produksi biosurfaktan. Pada penelitian ini dilakukan analisis bioinformatika untuk mengetahui jenis, lokasi dan desain primer gen biosurfaktan pada bakteri Bacillus cereus dan Brevundimonas spp. Sekuen dari genom bakteri dan gen biosurfaktan dianalisis pada program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) untuk mengetahui tingkat kesamaan dari kedua sekuen tersebut. Analisis penyelarasan antara genom bakteri dengan sekuen nukleotida biosurfaktan diperoleh hasil yang signifikan pada enam jenis biosurfaktan pada bakteri Bacillus cereus MGJa3, Bacillus cereus galur DLOU-Changhai dan Bacillus cereus galur TG1-6, sedangkan pada penyelarasan dengan sekuen protein biosurfaktan hasil yang signifikan diperoleh pada tiga belas jenis biosurfaktan pada bakteri Bacillus cereus galur MBGJa3 dan Brevundimonas nasdae galur A30. Primer dirancang menggunakan Primer-BLAST kemudian dari kesepuluh kandidat primer yang diperoleh pada masing-masing gen dipilih satu primer dengan karakteristik terbaik. Primer yang didesain akan menghasilkan amplikon sebesar 887 pasang basa untuk surfaktin, 897 pasang basa untuk iturin dan 808 pasang basa untuk fengycin.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
