Analisis Hubungan Kekerabatan Annonaceae Dari
Jawa Timur Koleksi Kebun Raya Purwodadi
Berdasarkan Karakter Morfologi Dan Penanda
Molekuler Dna (Rbcl, Matkdan Trnl-F)
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Brawijaya
Author
Lestari, Dewi Ayu
Subject
583.2 Magnoliidae
Datestamp
2020-12-13 09:07:16
Abstract :
Annonaceae merupakan salah satu suku dari Angiospermae dan tergolong dalam kelas dikotil yang primitif. Hal ini ditunjukkan melalui bagian-bagian bunganya yang tersusun spiral serta kadang-kadang tidak jelas batas antara kelopak, mahkota, benang sari serta daun-daun buah. Tumbuhan dari suku Annonaceae telah banyak dikoleksi oleh Kebun Raya Purwodadi-LIPI sebagai salah satu lembaga konservasi ex-situ. Salah satunya berasal dari wilayah Jawa Timur. Sebagian besar koleksi tumbuhan Annonaceae dari Jawa Timur tersebut belum dapat teridentifikasi karena karakter generatifnya tidak sepenuhnya muncul.Analisis hubungan kekerabatan berdasarkan penanda molekuler DNA dapat digunakan untuk mengkonfirmasi klasifikasi konvensional berdasarkan karakter morfologi.Selain itu, koleksi tumbuhan Annonaceae tersebut belum memiliki data molekuler untuk mendukung dan menguji klasifikasi konvensional berdasarkan karakter morfologi. Penanda molekuler DNA yang digunakan adalah rbcL, matK dan trnL-F dimana ketiganya merupakan penanda molekuler yang banyak digunakan dalam penelitian analisis hubungan kekerabatan Annonaceae, bersifat universal serta sesuai untuk level jenis maupun level di bawahnya. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkonstruksi pohon filogenetik jenis Annonaceae dari Jawa Timur koleksi Kebun Raya Purwodadi berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA, untuk membandingkan pengelompokan berdasarkan hubungan kekerabatan jenis Annonaceae dari Jawa Timur antara karakter morfologi dan penanda molekuler DNA serta untuk menentukan posisi takson dan usulan nama jenis Annonaceae dari Jawa Timur berdasarkan pengelompokan hubungan kekerabatannya. Material sampel Annonaceae yang digunakan sebanyak 30 sampel dimana 28 sampel (jenis) merupakan suku Annonaceae dari Jawa Timur sebagai in-group dan 2 jenis merupakan outgroup dari suku Magnoliaceae. Keseluruhan sampel diamati berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA. Observasi karakter morfologimeliputi habitus, tajuk, batang, daun dan bunga. Selanjutnya data dimasukkan dalam tabel determinasi dan dianalisis secara fenetik untuk menghasilkan dendrogram dan secara filogenetik untuk menghasilkan kladogram. Penelitian dengan penanda molekuler DNA dimulai dengan tahapan isolasi DNA, uji kualitatif DNA menggunakan Elektroforesis Gel Agarose, Uji kuantitatif DNA menggunakan Nanodrop, amplifikasi DNA dengan teknik PCR menggunakan penanda molekulerrbcL, matK dan trnL-F, sekuensing DNA serta analisis data untuk menghasilkan kladogram. Kladogram dari ketiga penanda molekuler DNA selanjutnya digabungkan untuk menghasilkan topologi pohon yang lebih kokoh sehingga dapat dibandingkan dengan kladogram berdasarkan karakter morfologi. Pengelompokan jenis berdasarkan karakter morfologi akan dibandingkan dengan pengelompokan jenis berdasarkan penanda molekuler DNA. Kedua data pengelompokan tersebut serta didukung hasil uji homologi dengan BLAST akan digunakan untuk ix menentukan posisi takson serta usulan nama jenis Annonaceae dari Jawa Timur, khususnya untuk jenis yang belum teridentifikasi. Konstruksi pohon filogenenetik jenis-jenis Annonaceae dari Jawa Timur berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA dibedakan dalam dua klad yaitu anak suku Malmeoideae dan Annonoideae, serta 4 sub klad yaitu tribus Miliuseae, Xylopiae, Annoneae dan Uvariae. Kedua anak sukutersebut secara morfologi dibedakan berdasarkan karakter fusion of petal, bentuk inner petal dan habitus, dimana anak suku Malmeoideae memiliki inner petal connate (bergabung), berbentuk mitriform dengan habitus pohon, sedangkan anak suku Annonoideae memiliki inner petal free (bebas/terpisah), berbentuk valvate dengan habitus liana (woody climber) dan sebagian pohon. Topologi pohon filogeni dari penanda molekuler rbcL menunjukkan nilai bootstrap yang tergolong lemah hingga sangat lemah (17-63%) dan topologi pohon terbaik dengan metode analisis NJ, penanda molekuler matK menunjukkan nilai bootstrap yang tergolong tinggi (98-99%) dengan topologi pohon terbaik pada metode analisis MP serta penanda molekuler trnL-F memiliki nilai bootstrap sangat lemah hingga lemah (36-53%) dan tinggi (100%) dengan topologi pohon terbaik pada metode analisis MP. Perbedaan kekerabatan berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA terletak pada posisi jenis Stelechocarpus burahol dan Polyalthia lateriflora dalam kladogram. Dimana kedua jenis tersebut menurut karakter morfologi termasuk dalam tribus Annoneae, anak suku Annonoideae sedangkan menurut gabungan penanda molekuler DNA termasuk dalam tribus Miliuseae, anak suku Malmeoideae. Penentuan identitas jenis-jenisAnnonaceae yang belum teridentifikasi menunjukkan bahwa Annona sp. berkerabat dekat dengan Annona muricata yang termasuk dalam tribus Annoneae, anak suku Annonoideae; Popowia sp. berkerabat dekat dengan Miliusa macropoda dan Polyalthia sp. yang berkerabat dekat dengan Saccopetalum horsfieldii
Annonaceae merupakan salah satu suku dari Angiospermae dan tergolong dalam kelas dikotil yang primitif. Hal ini ditunjukkan melalui bagian-bagian bunganya yang tersusun spiral serta kadang-kadang tidak jelas batas antara kelopak, mahkota, benang sari serta daun-daun buah. Tumbuhan dari suku Annonaceae telah banyak dikoleksi oleh Kebun Raya Purwodadi-LIPI sebagai salah satu lembaga konservasi ex-situ. Salah satunya berasal dari wilayah Jawa Timur. Sebagian besar koleksi tumbuhan Annonaceae dari Jawa Timur tersebut belum dapat teridentifikasi karena karakter generatifnya tidak sepenuhnya muncul.Analisis hubungan kekerabatan berdasarkan penanda molekuler DNA dapat digunakan untuk mengkonfirmasi klasifikasi konvensional berdasarkan karakter morfologi.Selain itu, koleksi tumbuhan Annonaceae tersebut belum memiliki data molekuler untuk mendukung dan menguji klasifikasi konvensional berdasarkan karakter morfologi. Penanda molekuler DNA yang digunakan adalah rbcL, matK dan trnL-F dimana ketiganya merupakan penanda molekuler yang banyak digunakan dalam penelitian analisis hubungan kekerabatan Annonaceae, bersifat universal serta sesuai untuk level jenis maupun level di bawahnya. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkonstruksi pohon filogenetik jenis Annonaceae dari Jawa Timur koleksi Kebun Raya Purwodadi berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA, untuk membandingkan pengelompokan berdasarkan hubungan kekerabatan jenis Annonaceae dari Jawa Timur antara karakter morfologi dan penanda molekuler DNA serta untuk menentukan posisi takson dan usulan nama jenis Annonaceae dari Jawa Timur berdasarkan pengelompokan hubungan kekerabatannya. Material sampel Annonaceae yang digunakan sebanyak 30 sampel dimana 28 sampel (jenis) merupakan suku Annonaceae dari Jawa Timur sebagai in-group dan 2 jenis merupakan outgroup dari suku Magnoliaceae. Keseluruhan sampel diamati berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA. Observasi karakter morfologimeliputi habitus, tajuk, batang, daun dan bunga. Selanjutnya data dimasukkan dalam tabel determinasi dan dianalisis secara fenetik untuk menghasilkan dendrogram dan secara filogenetik untuk menghasilkan kladogram. Penelitian dengan penanda molekuler DNA dimulai dengan tahapan isolasi DNA, uji kualitatif DNA menggunakan Elektroforesis Gel Agarose, Uji kuantitatif DNA menggunakan Nanodrop, amplifikasi DNA dengan teknik PCR menggunakan penanda molekulerrbcL, matK dan trnL-F, sekuensing DNA serta analisis data untuk menghasilkan kladogram. Kladogram dari ketiga penanda molekuler DNA selanjutnya digabungkan untuk menghasilkan topologi pohon yang lebih kokoh sehingga dapat dibandingkan dengan kladogram berdasarkan karakter morfologi. Pengelompokan jenis berdasarkan karakter morfologi akan dibandingkan dengan pengelompokan jenis berdasarkan penanda molekuler DNA. Kedua data pengelompokan tersebut serta didukung hasil uji homologi dengan BLAST akan digunakan untuk ix menentukan posisi takson serta usulan nama jenis Annonaceae dari Jawa Timur, khususnya untuk jenis yang belum teridentifikasi. Konstruksi pohon filogenenetik jenis-jenis Annonaceae dari Jawa Timur berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA dibedakan dalam dua klad yaitu anak suku Malmeoideae dan Annonoideae, serta 4 sub klad yaitu tribus Miliuseae, Xylopiae, Annoneae dan Uvariae. Kedua anak sukutersebut secara morfologi dibedakan berdasarkan karakter fusion of petal, bentuk inner petal dan habitus, dimana anak suku Malmeoideae memiliki inner petal connate (bergabung), berbentuk mitriform dengan habitus pohon, sedangkan anak suku Annonoideae memiliki inner petal free (bebas/terpisah), berbentuk valvate dengan habitus liana (woody climber) dan sebagian pohon. Topologi pohon filogeni dari penanda molekuler rbcL menunjukkan nilai bootstrap yang tergolong lemah hingga sangat lemah (17-63%) dan topologi pohon terbaik dengan metode analisis NJ, penanda molekuler matK menunjukkan nilai bootstrap yang tergolong tinggi (98-99%) dengan topologi pohon terbaik pada metode analisis MP serta penanda molekuler trnL-F memiliki nilai bootstrap sangat lemah hingga lemah (36-53%) dan tinggi (100%) dengan topologi pohon terbaik pada metode analisis MP. Perbedaan kekerabatan berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler DNA terletak pada posisi jenis Stelechocarpus burahol dan Polyalthia lateriflora dalam kladogram. Dimana kedua jenis tersebut menurut karakter morfologi termasuk dalam tribus Annoneae, anak suku Annonoideae sedangkan menurut gabungan penanda molekuler DNA termasuk dalam tribus Miliuseae, anak suku Malmeoideae. Penentuan identitas jenis-jenisAnnonaceae yang belum teridentifikasi menunjukkan bahwa Annona sp. berkerabat dekat dengan Annona muricata yang termasuk dalam tribus Annoneae, anak suku Annonoideae; Popowia sp. berkerabat dekat dengan Miliusa macropoda dan Polyalthia sp. yang berkerabat dekat dengan Saccopetalum horsfieldii
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
