Efek Penambatan Senyawa 6-Shogaol dan Kurkumin terhadap Protein DNMT1 dan LSD1
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Jenderal Soedirman
Author
NURANI, Sekar Cahyo
Subject
P585 Proteins
Datestamp
2021-05-10 03:33:22
Abstract :
Beta talasemia adalah penyakit herediter yang ditandai dengan menurunnya produksi beta-globin. 6-shogaol dan kurkumin diketahui dapat meningkatkan kadar HbF dengan penghambatan ekspresi dari mRNA STAT3 pada sel K562. Penelitian ini bertujuan untuk melihat interaksi 6-shogaol dan kurkumin pada protein DNMT1 dan LSD1. Preparasi protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul reseptor dan ligan natif dalam file PDB terpisah. Reseptor ditambatkan dengan ligan natif dan mendapatkan koordinat grid box. Nilai RMSD ditentukan dari hasil penambatan tersebut. Penambatan senyawa uji dengan reseptor dilakukan menggunakan koordinat hasil validasi yang valid. Konformasi dengan energi terendah akan divisualisasi Validasi menunjukkan nilai RMSD yaitu 0,861 Å (DNMT1) dan 1,410 Å (LSD1). Energi ikatan terendah pada protein DNMT1 yaitu -6,5 kkal/mol pada 6-shogaol dan -8,0 kkal/mol pada kurkumin. Energi ikatan terendah untuk protein LSD1 yaitu -8,2 kkal/mol untuk senyawa 6-shogaol dan -10,1 kkal/mol untuk senyawa kurkumin. Residu asam amino pada DNMT1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji yaitu Gly1147; Phe1145; Glu1168; Asn1278; Pro1225; Leu1151; Val1580; Ala1579; Asn1578; Trp1170; Ala1579. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji yaitu Val288; Ser289; Arg310; Gly285; Thr624; Leu659; Lys661; Arg316; Leu625; Tyr761; Trp751; Gly330; Leu659. Kurkumin memiliki interaksi yang lebih potensial pada DNMT1 dan LSD1 dibandingkan 6-shogaol.
Beta talasemia adalah penyakit herediter yang ditandai dengan menurunnya produksi beta-globin. 6-shogaol dan kurkumin diketahui dapat meningkatkan kadar HbF dengan penghambatan ekspresi dari mRNA STAT3 pada sel K562. Penelitian ini bertujuan untuk melihat interaksi 6-shogaol dan kurkumin pada protein DNMT1 dan LSD1. Preparasi protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul reseptor dan ligan natif dalam file PDB terpisah. Reseptor ditambatkan dengan ligan natif dan mendapatkan koordinat grid box. Nilai RMSD ditentukan dari hasil penambatan tersebut. Penambatan senyawa uji dengan reseptor dilakukan menggunakan koordinat hasil validasi yang valid. Konformasi dengan energi terendah akan divisualisasi Validasi menunjukkan nilai RMSD yaitu 0,861 Å (DNMT1) dan 1,410 Å (LSD1). Energi ikatan terendah pada protein DNMT1 yaitu -6,5 kkal/mol pada 6-shogaol dan -8,0 kkal/mol pada kurkumin. Energi ikatan terendah untuk protein LSD1 yaitu -8,2 kkal/mol untuk senyawa 6-shogaol dan -10,1 kkal/mol untuk senyawa kurkumin. Residu asam amino pada DNMT1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji yaitu Gly1147; Phe1145; Glu1168; Asn1278; Pro1225; Leu1151; Val1580; Ala1579; Asn1578; Trp1170; Ala1579. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji yaitu Val288; Ser289; Arg310; Gly285; Thr624; Leu659; Lys661; Arg316; Leu625; Tyr761; Trp751; Gly330; Leu659. Kurkumin memiliki interaksi yang lebih potensial pada DNMT1 dan LSD1 dibandingkan 6-shogaol.
File :
COVER-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
LEGALITAS-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
ABSTRAK-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
BAB-I-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
BAB-II-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
BAB-III-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
BAB-IV-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
BAB-V-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
DAFTAR PUSTAKA-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
LAMPIRAN-Sekar Cahyo Nurani-I1C017041-Skripsi-2021.pdf.pdf
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
