Skrining Virtual Senyawa Turunan Flavonoid dari Genus Artocarpus sebagai Penghambat Protein HER-2
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Jenderal Soedirman
Author
NURMALA, Ayu Azizah
Subject
A311 Analytical chemistry
Datestamp
2021-05-21 00:55:09
Abstract :
Peningkatan ekspresi protein HER-2 sebesar 40-100 kali lipat menghasilkan permukaan sel tumor yang mengandung sekitar dua juta reseptor. Senyawa turunan flavonoid dari genus Artocarpus diketahui memiliki aktivitas sitotoksik. Penelitian ini bertujuan melakukan skrining virtual terhadap 59 senyawa turunan flavonoid tersebut melalui metode penambatan molekul sehingga dapat dijadikan dasar unntuk pengembangan obat baru. Penelitian ini merupakan penelitian teoritikal yang dilakukan dengan empat tahap. Pertama, preparasi ligan dan protein dalam bentuk format file pdb dan pdbqt. Kedua, validasi metode dengan menambatkan kembali ligan natif kepada protein untuk memperoleh file konfigurasi yang tervalidasi berdasarkan nilai RMSD. Ketiga, penambatan molekul senyawa uji dan kontrol pada protein untuk menghasilkan energi ikatan. Keempat, visualisasi hasil penambatan untuk menganalisis jenis interaksi yang terjadi. ACP51 menghasilkan nilai energi ikatan terendah sebesar -11.2 kkal/mol, sementara senyawa kontrol lapatinib sebesar -10.7 kkal/mol. Pada visualisasi penambatan, terjadi interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik pada senyawa ACP51 dengan melibatkan asam amino LYS753 yang diketahui merupakan sisi aktif dari protein HER-2. Senyawa ACP51 secara in silico menunjukkan hasil yang paling baik.
Peningkatan ekspresi protein HER-2 sebesar 40-100 kali lipat menghasilkan permukaan sel tumor yang mengandung sekitar dua juta reseptor. Senyawa turunan flavonoid dari genus Artocarpus diketahui memiliki aktivitas sitotoksik. Penelitian ini bertujuan melakukan skrining virtual terhadap 59 senyawa turunan flavonoid tersebut melalui metode penambatan molekul sehingga dapat dijadikan dasar unntuk pengembangan obat baru. Penelitian ini merupakan penelitian teoritikal yang dilakukan dengan empat tahap. Pertama, preparasi ligan dan protein dalam bentuk format file pdb dan pdbqt. Kedua, validasi metode dengan menambatkan kembali ligan natif kepada protein untuk memperoleh file konfigurasi yang tervalidasi berdasarkan nilai RMSD. Ketiga, penambatan molekul senyawa uji dan kontrol pada protein untuk menghasilkan energi ikatan. Keempat, visualisasi hasil penambatan untuk menganalisis jenis interaksi yang terjadi. ACP51 menghasilkan nilai energi ikatan terendah sebesar -11.2 kkal/mol, sementara senyawa kontrol lapatinib sebesar -10.7 kkal/mol. Pada visualisasi penambatan, terjadi interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik pada senyawa ACP51 dengan melibatkan asam amino LYS753 yang diketahui merupakan sisi aktif dari protein HER-2. Senyawa ACP51 secara in silico menunjukkan hasil yang paling baik.
File :
COVER-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
LEGALITAS-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
ABSTRAK-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
BAB-I-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
BAB-II-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
BAB-III-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
BAB-IV-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
BAB-V-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
DAFTAR PUSTAKA-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
LAMPIRAN-Ayu Azizah Nurmala-I1C017003-Skripsi-2021.pdf
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
