Studi Virtual Skrining Turunan Flavonoid dari Genus Artocarpus melalui Penambatan Molekul sebagai Inhibitor Tirosin Kinase
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Jenderal Soedirman
Author
PRADANA, Radiktya Surya
Subject
A311 Analytical chemistry
Datestamp
2021-05-21 01:15:34
Abstract :
Latar Belakang: Dalam pengembangan obat antikanker, epidermal growth factor receptor (EGFR) telah terbukti menjadi target yang layak untuk dilakukan studi lebih lanjut. Salah satu pendekatan terapi dengan target EGFR yang dapat digunakan yaitu inhibitor tirosin kinase. Senyawa flavonoid dilaporkan berpotensi sebagai inhibitor tirosin kinase. Penelitian ini bertujuan untuk mencari senyawa turunan flavonoid dari genus Artocarpus sebagai inhibitor EGFR akibat adanya perkembangan mutasi pada EGFR. Metodologi: Virtual skrining terhadap inhibitor tirosin kinase dengan target protein EGFRL858R/T790M (PDB ID :6JX4) dilakukan melalui metode penambatan molekul dengan kontrol obat osimertinib dan olmutinib. Preparasi protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul reseptor dan ligan natif dalam file PDB terpisah. Reseptor ditambatkan dengan ligan natif dan mendapatkan koordinat grid box. Nilai RMSD ditentukan dari hasil penambatan tersebut. Penambatan senyawa uji dengan reseptor dilakukan menggunakan koordinat hasil validasi yang valid. Konformasi dengan energi terendah divisualisasi. Hasil Penelitian: Validasi menunjukkan nilai RSMD yaitu 1.97 Å. Energi ikatan terendah yaitu -10,0 kkal/mol untuk senyawa ACP35 sedangkan untuk kontrol olmutinib dan osimertinib masing masing adalah -8,2 kkal/mold an -7,2 kkal/mol Hasil visualisasi pada senyawa ACP35 menunjukkan ikatan hidrogen terhadap LYS745 dengan jarak 3,17?; ikatan hidrofobik meliputi pi-sigma (LEU718, VAL726), alkil (MET790, VAL726, LEU718, LYS745), pi-alkyl (ALA743, LEU844, LEU718); dan interaksi akseptor-akseptor (MET793). Kesimpulan: Senyawa ACP35 berpotensi sebagai inhibitor EGFR.
Latar Belakang: Dalam pengembangan obat antikanker, epidermal growth factor receptor (EGFR) telah terbukti menjadi target yang layak untuk dilakukan studi lebih lanjut. Salah satu pendekatan terapi dengan target EGFR yang dapat digunakan yaitu inhibitor tirosin kinase. Senyawa flavonoid dilaporkan berpotensi sebagai inhibitor tirosin kinase. Penelitian ini bertujuan untuk mencari senyawa turunan flavonoid dari genus Artocarpus sebagai inhibitor EGFR akibat adanya perkembangan mutasi pada EGFR. Metodologi: Virtual skrining terhadap inhibitor tirosin kinase dengan target protein EGFRL858R/T790M (PDB ID :6JX4) dilakukan melalui metode penambatan molekul dengan kontrol obat osimertinib dan olmutinib. Preparasi protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul reseptor dan ligan natif dalam file PDB terpisah. Reseptor ditambatkan dengan ligan natif dan mendapatkan koordinat grid box. Nilai RMSD ditentukan dari hasil penambatan tersebut. Penambatan senyawa uji dengan reseptor dilakukan menggunakan koordinat hasil validasi yang valid. Konformasi dengan energi terendah divisualisasi. Hasil Penelitian: Validasi menunjukkan nilai RSMD yaitu 1.97 Å. Energi ikatan terendah yaitu -10,0 kkal/mol untuk senyawa ACP35 sedangkan untuk kontrol olmutinib dan osimertinib masing masing adalah -8,2 kkal/mold an -7,2 kkal/mol Hasil visualisasi pada senyawa ACP35 menunjukkan ikatan hidrogen terhadap LYS745 dengan jarak 3,17?; ikatan hidrofobik meliputi pi-sigma (LEU718, VAL726), alkil (MET790, VAL726, LEU718, LYS745), pi-alkyl (ALA743, LEU844, LEU718); dan interaksi akseptor-akseptor (MET793). Kesimpulan: Senyawa ACP35 berpotensi sebagai inhibitor EGFR.
File :
COVER-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
LEGALITAS-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
ABSTRAK-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
BAB I-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
BAB II-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
BAB III-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
BAB IV-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
BAB V-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
DAFTAR PUSTAKA-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
LAMPIRAN-Radiktya Surya P-I1C017039-SKRIPSI-2021.pdf
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
