APLIKASI PENANDA GENETIK GEN CO1 UNTUK IDENTIFIKASI, DETEKSI VARIASI GENETIK DAN HUBUNGAN KEKERABATAN HARIMAU SUMATERA (Panthera tigris sumatrae)
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Andalas
Author
ASHRIFURRAHMAN, ASHRIFURRAHMAN
Subject
Q Science (General)
Datestamp
2022-01-26 08:37:24
Abstract :
Penelitian ini dilakukan untuk 1) mengidentifikasi sampel hasil sitaan yang diduga merupakan bagian tubuh harimau sumatera (Panthera tigris sumatrae), 2) menganalisis variasi genetik serta 3) menganalisis hubungan kekerabatan (filogenetik) harimau sumatera dengan subspesies lainnya berdasarkan gen sitokrom oksidase subunit I (CO1) DNA mitokondria. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah sampel-sampel awetan harimau sumatera yang diperoleh dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam Sumatera Barat (BKSDA Sumbar) yang merupakan sampel sitaan dari kasus perdagangan ilegal di Sumatera Barat serta yang berasal dari individu-individu harimau sumatera yang direhabilitasi di Pusat Rehabilitasi Harimau Sumatera Dharmasraya (PR-HSD) sebelum dilepasliarkan kembali. Berdasarkan bagian gen CO1 hasil sekuensing (999 pasang basa) maka dugaan dapat dipastikan benar karena memiliki kesamaan 99.90%-100% dengan sekuen P. t. sumatrae (JF357969.1). Selanjutnya, diperoleh nilai variasi genetik intraspesies P. t. sumatrae yang tergolong rendah yaitu 0-0,4% dan memiliki variasi spesifik diantara sub spesies lainnya dengan dua situs spesifik yaitu pada urutan 121 dan 842. Situs spesifik pada urutan 842 menjadi penanda untuk haplotipe 1 (Hap_1) dan haplotipe 2 (Hap_2). Hap_1 cenderung dimiliki sampel yang berasal dari Riau sedangkan Hap_2 cenderung dimiliki oleh sampel yang berasal dari Sumatera Barat. Harimau sumatera dan subspesies lainnya memiliki hubungan monofiletik.
Penelitian ini dilakukan untuk 1) mengidentifikasi sampel hasil sitaan yang diduga merupakan bagian tubuh harimau sumatera (Panthera tigris sumatrae), 2) menganalisis variasi genetik serta 3) menganalisis hubungan kekerabatan (filogenetik) harimau sumatera dengan subspesies lainnya berdasarkan gen sitokrom oksidase subunit I (CO1) DNA mitokondria. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah sampel-sampel awetan harimau sumatera yang diperoleh dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam Sumatera Barat (BKSDA Sumbar) yang merupakan sampel sitaan dari kasus perdagangan ilegal di Sumatera Barat serta yang berasal dari individu-individu harimau sumatera yang direhabilitasi di Pusat Rehabilitasi Harimau Sumatera Dharmasraya (PR-HSD) sebelum dilepasliarkan kembali. Berdasarkan bagian gen CO1 hasil sekuensing (999 pasang basa) maka dugaan dapat dipastikan benar karena memiliki kesamaan 99.90%-100% dengan sekuen P. t. sumatrae (JF357969.1). Selanjutnya, diperoleh nilai variasi genetik intraspesies P. t. sumatrae yang tergolong rendah yaitu 0-0,4% dan memiliki variasi spesifik diantara sub spesies lainnya dengan dua situs spesifik yaitu pada urutan 121 dan 842. Situs spesifik pada urutan 842 menjadi penanda untuk haplotipe 1 (Hap_1) dan haplotipe 2 (Hap_2). Hap_1 cenderung dimiliki sampel yang berasal dari Riau sedangkan Hap_2 cenderung dimiliki oleh sampel yang berasal dari Sumatera Barat. Harimau sumatera dan subspesies lainnya memiliki hubungan monofiletik.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
